Array name Sample name Batch Covariate 1 GSE43398_EGC_serum_1 GSE43398_EGC_serum_1 4 primed GSE43398_EGC_serum_2 GSE43398_EGC_serum_2 4 primed GSE43398_EGC_serum_3 GSE43398_EGC_serum_3 4 primed GSE43398_EGC_serum_4 GSE43398_EGC_serum_4 4 primed GSE43398_EGC_2is_1 GSE43398_EGC_2is_1 4 naive GSE43398_EGC_2is_2 GSE43398_EGC_2is_2 4 naive GSE43398_EGC_2is_3 GSE43398_EGC_2is_3 4 naive GSE43398_EGC_2is_4 GSE43398_EGC_2is_4 4 naive GSE43398_EGC_2i_1 GSE43398_EGC_2i_1 4 naive GSE43398_EGC_2i_2 GSE43398_EGC_2i_2 4 naive GSE43398_EGC_2i_3 GSE43398_EGC_2i_3 4 naive GSE43398_EGC_2i_4 GSE43398_EGC_2i_4 4 naive GSE43398_ESC_serum_1 GSE43398_ESC_serum_1 4 primed GSE43398_ESC_serum_2 GSE43398_ESC_serum_2 4 primed GSE43398_ESC_serum_3 GSE43398_ESC_serum_3 4 primed GSE43398_ESC_serum_4 GSE43398_ESC_serum_4 4 primed GSE43398_ESC_serum_5 GSE43398_ESC_serum_5 4 primed GSE43398_ESC_2i_1 GSE43398_ESC_2i_1 4 naive GSE43398_ESC_2i_2 GSE43398_ESC_2i_2 4 naive GSE43421_ESC_2iLIF_1 GSE43421_ESC_2iLIF_1 5 naive GSE43421_ESC_2iLIF_2 GSE43421_ESC_2iLIF_2 5 naive GSE43421_ESC_2iLIF_3 GSE43421_ESC_2iLIF_3 5 naive GSE43421_ESC_2i_1 GSE43421_ESC_2i_1 5 naive GSE43421_ESC_2i_2 GSE43421_ESC_2i_2 5 naive GSE43421_ESC_2i_3 GSE43421_ESC_2i_3 5 naive GSE43421_ESC_DMSO_1 GSE43421_ESC_DMSO_1 5 primed GSE43421_ESC_DMSO_2 GSE43421_ESC_DMSO_2 5 primed GSE43421_ESC_DMSO_3 GSE43421_ESC_DMSO_3 5 primed GSE44252_ESC_serum_1 GSE44252_ESC_serum_1 8 primed GSE44252_ESC_serum_2 GSE44252_ESC_serum_2 8 primed GSE44252_ESC_serum_3 GSE44252_ESC_serum_3 8 primed GSE44252_ESC_serum_4 GSE44252_ESC_serum_4 8 primed GSE44252_ESC_serum_5 GSE44252_ESC_serum_5 8 primed GSE44252_ESC_serum_6 GSE44252_ESC_serum_6 8 primed GSE44252_ESC_serum_7 GSE44252_ESC_serum_7 8 primed GSE44252_ESC_serum_8 GSE44252_ESC_serum_8 8 primed GSE44252_ESC_serum_9 GSE44252_ESC_serum_9 8 primed GSE44252_ESC_serum_10 GSE44252_ESC_serum_10 8 primed GSE44252_ESC_serum_11 GSE44252_ESC_serum_11 8 primed GSE44252_ESC_serum_12 GSE44252_ESC_serum_12 8 primed GSE45034_ESC_serum_1 GSE45034_ESC_serum_1 7 primed GSE45034_ESC_serum_2 GSE45034_ESC_serum_2 7 primed GSE45034_ESC_serum_3 GSE45034_ESC_serum_3 7 primed GSE45034_ESC_serum_4 GSE45034_ESC_serum_4 7 primed GSE45034_ESC_serum_5 GSE45034_ESC_serum_5 7 primed GSE45034_ESC_serum_6 GSE45034_ESC_serum_6 7 primed GSE46319_ESC_2i_1 GSE46319_ESC_2i_1 6 naive GSE46319_ESC_2i_2 GSE46319_ESC_2i_2 6 naive GSE46319_ESC_2i_3 GSE46319_ESC_2i_3 6 naive GSE24861_iPSC_2i GSE24861_iPSC_2i 1 naive GSE24861_ESC_2i GSE24861_ESC_2i 1 naive GSE31461_ESC_2i_1 GSE31461_ESC_2i_1 2 naive GSE31461_ESC_2i_2 GSE31461_ESC_2i_2 2 naive GSE31461_ESC_2i_3 GSE31461_ESC_2i_3 2 naive GSE31461_EpiSC_1 GSE31461_EpiSC_1 2 EpiSC GSE31461_EpiSC_2 GSE31461_EpiSC_2 2 EpiSC GSE31461_EpiSC_3 GSE31461_EpiSC_3 2 EpiSC GSE31461_EpiSC_4 GSE31461_EpiSC_4 2 EpiSC GSE31461_EpiSC_5 GSE31461_EpiSC_5 2 EpiSC GSE31461_EpiSC_6 GSE31461_EpiSC_6 2 EpiSC GSE31544_EpiSC_7 GSE31544_EpiSC_7 3 EpiSC GSE31544_EpiSC_8 GSE31544_EpiSC_8 3 EpiSC GSE31544_EpiSC_9 GSE31544_EpiSC_9 3 EpiSC GSE31544_EpiSC_10 GSE31544_EpiSC_10 3 EpiSC GSE31544_EpiSC_11 GSE31544_EpiSC_11 3 EpiSC GSE31544_EpiSC_12 GSE31544_EpiSC_12 3 EpiSC